Résumé : Cette thèse s’est intéressée à l’étude du continuum terre-mer en analysant des impacts fluviatiles sur la variabilité spatio-temporelle des communautés microbiennes de l’écosystème côtier. L’association entre les changements de structure de ces communautés, évalués par séquençage d’ADN environnemental, et différents paramètres physiques, chimiques, biologiques et géologiques a permis de mieux comprendre la dynamique des écosystèmes côtiers face aux perturbations naturelles et humaines à des échelles variables de temps et d’espace. La Nouvelle-Calédonie, avec son climat subtropical, aux saisons contrastées, ses sols riches en métaux, et des pressions humaines spécifiques, a été choisie comme laboratoire naturel pour étudier des impacts fluviaux variables. Les résultats révèlent que l’influence de facteurs naturels (e.g., cyclones, géologie des bassins versants) génèrent des communautés microbiennes spécifiques qui pourraient être utilisées comme traceurs de ces impacts et démontrent d’une forte connectivité entre les écosystèmes terrestres et côtiers. Cette connectivité peut être amplifiée par les activités humaines, comme l’exploitation pluriséculaire d’une mine de nickel. Les modifications de la composition et de la quantité des apports sédimentaires ont engendré des changements jusqu’à présent pérennes des communautés microbiennes. Cette thèse combine ainsi des approches multi-échelles et multidisciplinaires pour développer une vision holistique de l’écosystème côtier en lien avec l’environnement terrestre. Les résultats promeuvent la mise en place de systèmes de gestion et de conservations de ces écosystèmes fragiles faces aux pressions anthropiques et naturelles croissantes.

Mots clés : Interaction mer-atmosphère; Microbiologie marine